图解Circos快速入门（Windows）

0. 前言

Circos是环形图绘制工具，组学数据展示常用工具，基因组文章必备图绘制工具。在三大操作系统均可使用，因为是用Perl写的，Perl能用的环境，Circos都work。官网：http://circos.ca
优点：方便，强大
缺点：依赖较多Perl模块，增加了入手难度；
基础：perl 5、ActivePerl

1. 查看perl版本

打开cmd，输入命令：
perl -v
显示：

表明我的perl版本是5.16.2，可用。
如果没有安装perl。Windows推荐安装ActivePerl和StrawberryPerl，ActivePerl的Perl Package Manager比较好用，StrawberryPerl的环境配置更容易。我是都安了。

2. 安装模块

打开Perl Package Manager，在搜索框依次搜索以下模块。（使用CPAN也好，原理都一样）
Config::General (v2.50 or later)、Font::TTF、GD、List::MoreUtils、Math::Bezier、Math::Round、Math::VecStat、Params::Validate、Readonly、Regexp::Common、Set::IntSpan (v1.16 or later)、Text::Format
以Config::General 为例：

3. Circos下载

4. 示例下载


5. 运行Circos

perl bin\circos -conf ..\..\circos-tutorials-0.67\circos-tutorials-0.67\tutorials\2\2\circos.conf -outputdir . -outputfile tutorial_image.png

6. debug

7. 深入学习

查看官方帮助文档：http://www.circos.ca/documentation/tutorials/；对应每一小节都提供数据练习，找到适合自己的模式，套入符合规范的数据即可。

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